1956 m. vasario mėn. 13 d. į tinklus buvo paduotas vanduo iš naujos – Kleboniškio vandenvietės. Šios stoties elektromontažinius darbus atliko patys vandentiekio ir kanalizacijos valdybos darbuotojai. Ši stotis vandenį ėmė taip pat iš gręžinių, įrengtų tame pačiame Neries upės slėnyje kaip ir Eigulių vandentiekio stotis tik arčiau Kleboniškio kaimo. Vanduo iš gręžinių taip pat surenkamas sifono linijomis, tik šioje stotyje siurbliai vandenį tiesiog siurbia iš sifono linijų, be tarpinio surinkimo šulinio.

Kleboniškio vandenvietėje dviejose sifono linijose eksploatuojama 17 gręžinių.

Stotis vidutiniškai paduoda 5,0 t.m³/p vandens. Vandenvietės patvirtintos vandens atsargos 13 t.m³/p pagal A kategoriją.
1963 m. vasario mėn. 4 d. pradėta eksploatuoti antroji magistralinė linija, per kurią vanduo paduodamas iš Kleboniškio stoties diukeriu per Neries upę.